Κάθε πόλη του κόσμου έχει μοναδικό μικροβιακό «αποτύπωμα».
Ο συστηματικός, παγκόσμιος κατάλογος των μικροβίων αντιπροσωπεύουν έναν γονιδιωματικό άτλαντα, ο οποίος είναι σημαντικός για την κατανόηση της οικολογίας, της μολυσματικότητας, και την αντοχή στα αντιβιοτικά των πληθυσμών των μικροβίων κάθε πόλης.
Γονίδια για παράδειγμα, στη γενετική σύσταση βακτηρίων που προσφέρουν αντοχή στα φάρμακα είναι ευρέως διαδεδομένα στις πόλεις.
Επιπρόσθετα, ότι οι πόλεις περιέχουν πολλά νέα είδη βακτηρίων και ιών.
Μεγάλη ερευνητική ομάδα (900 συνεργαζόμενοι ερευνητές), με επικεφαλής τον καθηγητή γενετικής Κρίστοφερ Μέισον του Ιατρικού Κολεγίου Weill Cornell της Νέας Υόρκης, έκανε τη σχετική δημοσίευση στο περιοδικό κυτταρικής βιολογίας “Cell”.
Προς τούτο, ανέλυσαν 4.728 δείγματα αέρα και επιφανειών από 60 πόλεις έξι ηπείρων, από το Λονδίνο, τη Στοκχόλμη, τη Βαρκελώνη, τη Σόφια, τη Νεάπολη, τη Νέα Υόρκη, τη Σαγκάη και το Τόκιο.
“Είναι η μεγαλύτερη γενετική μελέτη αστικών μικροβιωμάτων (RNA ή DNA ιών και DNA βακτηρίων)”, αναφέρει ο Ομότιμος Καθηγητής Γενετικής και Μοριακής Βιολογίας του Α. Π.Θ. κ. Κωνσταντίνος Τριανταφυλλίδης, προσθέτοντας:
“Τα δείγματα ελήφθησαν στη διάρκεια τριών ετών, κυρίως από μέσα μαζικής μεταφοράς και νοσοκομεία.
Ακολούθησε η γενετική ανάλυση τους για 10.920 ιούς (RNA ή DNA), 1302βακτήρια (DNA) και 2 άλλους μικροοργανισμούς (DNA).
Πρόκειται για τον πιο ολοκληρωμένο μέχρι σήμερα κατάλογο των αστικών μικροβιακών οικοσυστημάτων“.
Οι ερευνητές συμπέραναν ότι «Κάθε πόλη έχει τη δική της μοριακή “ηχώ” από μικρόβια που την προσδιορίζει”.
Αν δίναμε το παπούτσι μας στην ερευνητική ομάδα, θα μπορούσε να μας πει με ακρίβεια περίπου 90% από ποια πόλη του κόσμου αναχωρήσαμε.
Τα μικροβιακά «προφίλ» των ευρωπαϊκών και βορειοαμερικανικών πόλεων διαφέρουν σημαντικά από εκείνο των ανεπτυγμένων πόλεων της ανατολικής Ασίας.
Γενικότερα, όσο πιο κοντά βρίσκονται δύο πόλεις, τόσο περισσότερο μοιάζουν τα μικροβιακά «αποτυπώματα» τους.
Πόλεις κοντά στον Ισημερινό έχουν μεγαλύτερη μικροβιακή βιοποικιλότητα, ενώ παραθαλάσσιες πόλεις έχουν αρκετά μικρόβια που σχετίζονται με το νερό.
Διαπιστώθηκε ότι, πέρα από τη διακριτή μικροβιακή «υπογραφή» κάθε πόλης, υπάρχει κι ένας πυρήνας 31 μικροβιακών ειδών που είναι κοινός στο σύνολο σχεδόν των πόλεων (97%).
Τα μισά από αυτά είναι βακτήρια που ζουν στο ανθρώπινο σώμα
“Σχεδόν τα μισά από αυτά τα κοινά είδη είναι βακτήρια που ζουν στο ανθρώπινο σώμα, κυρίως στο δέρμα.
Συνολικά οι ερευνητές βρήκαν 4.246 γνωστά είδη αστικών μικροοργανισμών, εκ των οποίων τα δύο τρίτα ήταν βακτήρια και οι υπόλοιποι μύκητες, ιοί και άλλα μικρόβια“, σημειώνει ο κ. Τριανταφυλλίδης.
Ανακάλυψαν επίσης -προς μεγάλη έκπληξη τους- 10.928 νέους ιούς και 748 νέα είδη βακτηρίων.
Όσο μεγαλύτερη είναι μια πόλη, τόσο πιο πολύπλοκο και διαφοροποιημένο είναι το μικροβίωμα της.
Η προέλευση και οι λειτουργίες πολλών από αυτούς τους μικροοργανισμούς παραμένουν άγνωστες, αν και, σύμφωνα με τους επιστήμονες, δεν αποτελούν πηγή ιδιαίτερης ανησυχίας.
“Η μεγάλη πλειονότητα τους δεν φαίνεται να είναι παθογόνα και δεν συνιστούν κίνδυνο για την υγεία των ανθρώπων“, επισημαίνει ο κ. Τριανταφυλλίδης.
Το 2015 ο Μέισον δημιούργησε τη διεθνή ερευνητική κοινοπραξία International MetaSUB Consortium, και η 21η Ιουνίου κάθε έτους καθιερώθηκε ως Παγκόσμια Ημέρα Δειγματοληψιών στις Πόλεις.
Το 2020 εν μέσω πανδημίας ξεκίνησε προσπάθεια να διερευνηθεί η εξάπλωση του κορωνοϊού SARS-CoV-2 στις γάτες.
Παράλληλα, ερευνητές του MetaSUB στην Ελβετία δημιούργησαν μια ανοικτή παγκόσμια βάση γενετικών δεδομένων (MetaGraph), όπου καταγράφονται όλα τα γονιδιώματα των αστικών μικροβίων.
Τα ευρήματα των ερευνών αυτού του είδους μπορούν να έχουν και χρήσιμες πρακτικές εφαρμογές, από την εγκληματολογία (αν κάποιος ύποπτος επισκέφθηκε πρόσφατα κάποια συγκεκριμένη πόλη με βάση την ανάλυση του μικροβιώματος στα παπούτσια του, μέχρι την ανάπτυξη νέων φαρμάκων.
“Η συγκεκριμένη μελέτη πραγματοποιήθηκε πριν την COVID-19 εποχή και τη θέσπιση περιοριστικών μέτρων σε πόλεις του κόσμου, γι’ αυτό το επόμενο βήμα των ερευνητών θα είναι να δουν κατά πόσο η πανδημία επηρέασε το μικροβιακό αποτύπωμα κάθε πόλης“, καταλήγει ο κ. Τριανταφυλλίδης.