Η ομοιοπαθητική, ως σύστημα υγείας, βασίζεται στην υπόθεση πως η θεραπεία μιας ασθένειας μπορεί να επιτευχθεί με χρήση φαρμακευτικών ουσιών που είναι ικανές να προκαλέσουν τα συμπτώματα της ασθένειας, όταν χορηγηθούν σε έναν υγιή οργανισμό.
Η αρχή αυτή ονομάζεται «νόμος των ομοίων» ή «κανόνας των ομοίων» και κατά τους ομοιοπαθητικούς γιατρούς επαληθεύεται εμπειρικά. Η σύνδεση ενός φαρμάκου με ένα ευρύ φάσμα συμπτωμάτων, επιτυγχάνεται μέσα από μία διαδικασία «απόδειξής» του (ή «επαλήθευσης», αγγλ. proving), που συνίσταται στη χορήγησή του σε υγιείς οργανισμούς, καταγράφοντας εμπειρικά όλα τα συμπτώματά που επιφέρει.
Ενδεικτικά, σύμφωνα με τον κανόνα των ομοίων, εφόσον ο καφές έχει επαληθευτεί πως προκαλεί συμπτώματα αϋπνίας, μπορεί υπό προϋποθέσεις να χορηγηθεί για τη θεραπεία προβλημάτων αϋπνίας. Μία απόδειξη θεωρείται πλήρης όταν οι ουσίες έχουν το εν λόγω αποτέλεσμα χορηγούμενες σε ολόκληρο το φάσμα των δόσεων (τόσο τοξικές όσο και απειροελάχιστες), ενώ κρίνεται αναγκαία η καταγραφή όλων των παρατηρούμενων συμπτωμάτων, σε πνευματικό, ψυχικό και φυσικό επίπεδο, συνεπώς για την ομοιοπαθητική η κλασική τοξικολογία δεν είναι πλήρης.
Εφαρμόζεται αποκλειστικά σε υγιείς οργανισμούς, προκειμένου να μην συνδυαστούν συμπτώματα μίας ασθένειας με την επενέργεια του φαρμάκου. Με αυτό τον τρόπο, πιστεύεται ότι εξασφαλίζεται η γνώση της δράσης κάθε ουσίας στη συνολική υγεία του οργανισμού.
Δεύτερη βασική και αμφιλεγόμενη αρχή της ομοιοπαθητικής είναι η υπόθεση πως μία ουσία μπορεί να έχει ισχυρά θεραπευτικά αποτελέσματα όταν αραιωθεί σταδιακά σε απειροελάχιστες δόσεις και εφόσον μεταξύ κάθε αραίωσης το διάλυμα αναταράσσεται βίαια, διαδικασία που στην ομοιοπαθητική ορολογία απαντάται ως «δυναμοποίηση» (potentization ή dynamization).
Ο Χάνεμαν επιχείρησε να την εξηγήσει, συγκρίνοντάς τη με την παραγωγή θερμότητας ή τη μαγνήτιση υλικών μέσω της τριβής, διαδικασίες που δεν ήταν τότε πλήρως κατανοητές.
Οι υποστηρικτές της ομοιοπαθητικής πρεσβεύουν πως όσο μεγαλύτερη είναι η δυναμοποίηση, δηλαδή η αραίωση συνοδευόμενη από τη βίαιη ανατάραξη του διαλύματος, τόσο αυξάνει η θεραπευτική δύναμη της διαλυμένης ουσίας.
H επιλογή του ποσοστού αραίωσης δεν ακολουθεί κάποιον αυστηρό κανόνα και η εμπειρία ή η παρατήρηση διαδραματίζει σημαντικό ρόλο.
Σύμφωνα με ένα τρίτο αξίωμα της ομοιοπαθητικής, οι θεραπείες είναι αποτελεσματικότερες όταν επιλέγονται με βάση τα συνολικά χαρακτηριστικά συμπτώματα και όχι αποκλειστικά εκείνα της ασθένειας.
Αυτή η ολιστική και συγχρόνως εξατομικευμένη αντιμετώπιση συνεπάγεται πως ακόμα και αν σε δύο ασθενείς γίνεται η ίδια διάγνωση, ενδέχεται να χορηγηθεί διαφορετικό ομοιοπαθητικό φάρμακο που θα ανταποκρίνεται στα ιδιαίτερα διανοητικά, ψυχικά και σωματικά συμπτώματα του κάθε οργανισμού.
Ουσιώδες σημείο της ομοιοπαθητικής είναι η πεποίθηση πως η θεραπευτική αγωγή οφείλει να αποσκοπεί στην ίαση του ατόμου μάλλον παρά της νόσου, δηλαδή δεν αναγνωρίζονται ασθένειες αλλά ασθενείς οργανισμοί.