Επιδημίες

Πώς μπορούμε να προβλέψουμε την επόμενη μετάλλαξη

Η αλληλούχιση επόμενης γενιάς και τα ανοικτά δεδομένα είναι ο ακρογωνιαίος λίθος της μοριακή επιτήρησης της πανδημίας
Πώς μπορούμε να προβλέψουμε την επόμενη μετάλλαξη

Οι νέες τεχνολογίες διαβάσματος των γονιδιωμάτων γνωστές ως Τεχνολογίες Αλληλούχισης Επόμενης Γενιάς (Next Generation Sequencing) έχουν προκαλέσει επανάσταση σε όλους τους τομείς της Βιολογίας και της Ιατρικής.

Η συμβολή αυτών των τεχνολογιών είχε καίρια σημασία στην έγκαιρη ανακάλυψη του κορωνοϊού, στην ταχεία ανάπτυξη διαγνωστικών μεθόδων, στον γρήγορο σχεδιασμό εμβολίων και στην περιγραφή των μεταλλαγμένων στελεχών.

Συγχρόνως, έχει αναδειχθεί η σημασία να παρέχεται άμεσα πρόσβαση σε αυτά τα δεδομένα σε όλους τους ερευνητές χωρίς να υπεισέρχονται κανόνες πνευματικών δικαιωμάτων μία πολιτική που παίρνει μεγάλες διαστάσεις στην σύγχρονη επιστήμη και είναι γνωστή ως Ανοικτά Δεδομένα (opendata).

Οι Καθηγητές της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, Γκίκας Μαγιορκίνης και Θάνος Δημόπουλος (Πρύτανης ΕΚΠΑ) επικαιροποιούν τις γνώσεις μας στον τομέα αυτό.

Οι τεχνολογίες αλληλούχισης επόμενης γενιάς σε συνδυασμό με την πολιτική των ανοικτών δεδομένων αποτελούν τον ακρογωνιαίο λίθο της σύγχρονης μοριακής επιτήρησης της πανδημίας από τα πρωταρχικά στάδια της.

Αν οι κινέζοι επιστήμονες δεν είχαν διαθέσει ως ανοικτά δεδομένα σε όλον τον κόσμο το γονιδίωμα του ιού άμεσα εντός του πρώτου δεκαημέρου του Ιανουαρίου του 2020 ,τότε θα ήταν αδύνατος ο έγκαιρος σχεδιασμός διαγνωστικών μεθόδων και εμβολίων.

Το δίδυμο τεχνολογιών αλληλούχισης επόμενης γενιάς-ανοικτά δεδομένα είναι ο μόνος τρόπος για να μπορούμε να παρακολουθούμε έγκαιρα την έλευση νέων μεταλλαγμένων στελεχών.

Υπό αυτό το πρίσμα δημοσιεύεται στο περιοδικό New England Journa lof Medicine ένα άρθρο προοπτικής με τον τίτλο «Ταυτοποίηση και παρακολούθηση στελεχών SARS-CoV-2, μία πρόκληση και μία ευκαιρία» που αναφέρει πώς θα πρέπει να κτισθεί ένα δίκτυο διαβάσματος και δημόσιας διάθεσης  γονιδιωμάτων του SARS-CoV-2 στις Ηνωμένες Πολιτείες.

Ο πιο ενδεδειγμένος τρόπος διάθεσης των γονιδιώματων του SARS-CoV-2 είναι μέσω της πλατφόρμας GISAID (https://www.gisaid.org).

Τόσο οι διεθνείς οργανισμοί (π.χ. ECDC) όσο και μηχανισμοί χρηματοδότησης τονίζουν ότι για να μπορεί να γίνει έγκαιρη και έγκυρη ανίχνευση των νέων μεταλλαγμένων στελεχών απαιτείται η διάθεση των γονιδιακών δεδομένων SARS-CoV-2 στη συγκεκριμένη πλατφόρμα εντός 2 εβδομάδων από την στιγμή της δειγματοληψίας.

Ο ECDC συστήνει στις χώρες να καλύπτουν το 5-10% των νέων διαγνώσεων μιας χώρας ή τουλάχιστον 500 στελέχη, αλλά οι περισσότερες Ευρωπαϊκές χώρες απέχουν αρκετά από αυτούς τους στόχους.

Επί του παρόντος έχουν διαβασθεί και διατεθεί στην GISAID πάνω από 1.9 εκατομμύρια γονιδιώματα του ιού, ενώ στις χώρες που έχουν πάρει σοβαρά την μοριακή επιτήρηση συμπεριλαμβάνονται το Ηνωμένο Βασίλειο, οι Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής, η Γερμανία, η Αυστραλία, όπως φαίνεται από τον αριθμό των γονιδιωμάτων που έχουν διαθέσει.

Υπάρχουν ωστόσο αρκετές χώρες που δεν έχουν την δυνατότητα να αναλύσουν ικανοποιητικό αριθμό γονιδιωμάτων, ενώ άλλες δεν υιοθετούν επαρκώς την πολιτική ανοικτών δεδομένων καθότι δεν κάνουν άμεσα διαθέσιμα τα γονιδιακά δεδομένα συνήθως ακολουθώντας μία παρωχημένη λογική περί πνευματικών δικαιωμάτων εξασθενώντας έτσι την δυνατότητα έγκαιρου εντοπισμού μεταλλαγμένων στελεχών.

Καθώς ο εμβολιασμός προχωράει και η επιδημία υποχωρεί είναι προφανές ότι με δεδομένη την ικανοποιητική εμβολιαστική κάλυψη, το ενδεχόμενο ενός νέου κύματος θα συμβεί λόγω έλευσης μεταλλαγμένου στελέχους που είτε θα έχει αυξημένη μεταδοτικότητα είτε θα διαφεύγει της ανοσολογικής απάντησης από το εμβόλια, είτε και τα δύο.

Ο μόνος τρόπος που έχουμε για να εντοπίσουμε έγκαιρα την έλευση αυτών των μεταλλαγμένων στελεχών είναι μέσω της διαρκούς και επαρκούς γονιδιωματικής επιτήρησης, αλλά κυρίως της πλήρους εφαρμογής της πολιτικής των ανοικτών δεδομένων ώστε όλοι οι ερευνητές στον κόσμο να μπορούν να συγκρίνουν την εξέλιξη της πανδημίας σε πραγματικό χρόνο.

Επιδημίες

11.07.2025

Ιός Δυτικού Νείλου: Στην Αττική τα τέσσερα πρώτα κρούσματα

Τα περιστατικά αφορούν σε ασθενείς ηλικίας άνω των 65 ετών

30.06.2025

Σε καθεστώς επιτήρησης 25 άτομα στη Λάρισα εξαιτίας του αιμορραγικού πυρετού

Υπενθυμίζεται ότι η 54χρονη γιατρός που κόλλησε από τον 72χρονο εκλιπόντα κτηνοτρόφο νοσηλεύεται σε κρίσιμη κατάσταση

Χαλκιδική: «Σήμα κινδύνου» από τον νομό για την ευλογιά των προβάτων
23.06.2025

Χαλκιδική: «Σήμα κινδύνου» από τον νομό για την ευλογιά των προβάτων

Μαγνησία: Νέα κρούσματα ευλογιάς των αιγοπροβάτων
19.06.2025

Μαγνησία: Νέα κρούσματα ευλογιάς των αιγοπροβάτων

Κορονοϊός: Αυτά είναι τα συμπτώματα της νέας μετάλλαξης NB.1.8.1
04.06.2025

Κορονοϊός: Αυτά είναι τα συμπτώματα της νέας μετάλλαξης NB.1.8.1

Σουδάν: 70 άνθρωποι έχασαν τη ζωή τους από χολέρα μέσα σε δύο ημέρες
29.05.2025

Σουδάν: 70 άνθρωποι έχασαν τη ζωή τους από χολέρα μέσα σε δύο ημέρες

Γ.Μαγιορκίνης για στρεπτόκοκκο: «Σε μικρό ποσοστό μπορεί να κάνει τη διεισδυτική λοίμωξη»
26.05.2025

Γ.Μαγιορκίνης για στρεπτόκοκκο: «Σε μικρό ποσοστό μπορεί να κάνει τη διεισδυτική λοίμωξη»

Θεσσαλονίκη: Συνολικά 15 κρούσματα στρεπτόκοκκου σε σχολεία της Ευκαρπίας
23.05.2025

Θεσσαλονίκη: Συνολικά 15 κρούσματα στρεπτόκοκκου σε σχολεία της Ευκαρπίας

Θεσσαλονίκη: «Το πρόσωπό της ήταν μελανιασμένο» λέει ο πατέρας της 5χρονης που «έφυγε» από στρεπτόκοκκο
21.05.2025

Θεσσαλονίκη: «Το πρόσωπό της ήταν μελανιασμένο» λέει ο πατέρας της 5χρονης που «έφυγε» από στρεπτόκοκκο

Δεν ήταν μηνιγγίτιδα το κρούσμα στο 6ο ΕΠΑΛ Αθήνας –Δείτε τι έδειξαν οι εξετάσεις
20.05.2025

Δεν ήταν μηνιγγίτιδα το κρούσμα στο 6ο ΕΠΑΛ Αθήνας –Δείτε τι έδειξαν οι εξετάσεις

Δημοφιλή

Υγεία
1

Αυτό είναι το θαυματουργό έλαιο που προστατεύει από το Αλτχάιμερ

Kαρδιά
2

Ποιοι είναι οι φυσιολογικοί καρδιακοί παλμοί και ποια τα επικίνδυνα όρια – Πότε πρέπει να ανησυχήσετε

Φάρμακα
3

Ανατροπή δεδομένων στα εμβόλια mRNA: Οι εμβολιασμένοι πεθαίνουν πλέον στις ΗΠΑ από COVID-19

Διατροφή
4

Πετιμέζι: Το καλύτερο φυσικό φάρμακο

Περισσότερα

17.07.2025

Δείτε ποια είναι τα 7 οφέλη που έχουν για την υγεία τα ροδάκινα

Περιέχουν δεκάδες πολύτιμα θρεπτικά συστατικά που ωφελούν με πολλούς τρόπους την υγεία

17.07.2025

After Shave Mist & Face Mist Lifting σε προσφορά: Τα βραβευμένα προϊόντα που μεταμορφώνουν την επιδερμίδα σας!

Δύο προϊόντα, μία ολοκληρωμένη λύση για ανακούφιση, ενυδάτωση και αντιγήρανση!

Aλεξιθυμία: Τι είναι και ποια τα συμπτώματα
17.07.2025

Aλεξιθυμία: Τι είναι και ποια τα συμπτώματα

Βρετανία: Για πρώτη φορά γεννήθηκαν οκτώ μωρά με DNA τριών ατόμων! (βίντεο)
17.07.2025

Βρετανία: Για πρώτη φορά γεννήθηκαν οκτώ μωρά με DNA τριών ατόμων! (βίντεο)

Έχετε θολωμένο μυαλό; – Δείτε ποιες είναι οι καλύτερες και ποιες οι χειρότερες τροφές
17.07.2025

Έχετε θολωμένο μυαλό; – Δείτε ποιες είναι οι καλύτερες και ποιες οι χειρότερες τροφές

Τα συμπληρώματα που θα σας βοηθήσουν να μειώσετε τα υψηλά επίπεδα κορτιζόλης
17.07.2025

Τα συμπληρώματα που θα σας βοηθήσουν να μειώσετε τα υψηλά επίπεδα κορτιζόλης

Κρύος καφές το καλοκαίρι: Πότε μπορεί να γίνει πρόβλημα για τον οργανισμό
17.07.2025

Κρύος καφές το καλοκαίρι: Πότε μπορεί να γίνει πρόβλημα για τον οργανισμό

Aν αποφύγεις αυτές τις βραδινές συνήθειες θα σωθείς από τις αϋπνίες
17.07.2025

Aν αποφύγεις αυτές τις βραδινές συνήθειες θα σωθείς από τις αϋπνίες

Οι πρωτεΐνες στο ανθρώπινο σώμα αποκαλύπτουν προειδοποιητικά σημάδια για Πάρκινσον και Αλτσχάιμερ
17.07.2025

Οι πρωτεΐνες στο ανθρώπινο σώμα αποκαλύπτουν προειδοποιητικά σημάδια για Πάρκινσον και Αλτσχάιμερ

Τι είναι το «ιαπωνικό περπάτημα» που έχει γίνει viral στο TikTok
17.07.2025

Τι είναι το «ιαπωνικό περπάτημα» που έχει γίνει viral στο TikTok