Επιδημίες

Πώς μπορούμε να προβλέψουμε την επόμενη μετάλλαξη

Η αλληλούχιση επόμενης γενιάς και τα ανοικτά δεδομένα είναι ο ακρογωνιαίος λίθος της μοριακή επιτήρησης της πανδημίας
Πώς μπορούμε να προβλέψουμε την επόμενη μετάλλαξη

Οι νέες τεχνολογίες διαβάσματος των γονιδιωμάτων γνωστές ως Τεχνολογίες Αλληλούχισης Επόμενης Γενιάς (Next Generation Sequencing) έχουν προκαλέσει επανάσταση σε όλους τους τομείς της Βιολογίας και της Ιατρικής.

Η συμβολή αυτών των τεχνολογιών είχε καίρια σημασία στην έγκαιρη ανακάλυψη του κορωνοϊού, στην ταχεία ανάπτυξη διαγνωστικών μεθόδων, στον γρήγορο σχεδιασμό εμβολίων και στην περιγραφή των μεταλλαγμένων στελεχών.

Συγχρόνως, έχει αναδειχθεί η σημασία να παρέχεται άμεσα πρόσβαση σε αυτά τα δεδομένα σε όλους τους ερευνητές χωρίς να υπεισέρχονται κανόνες πνευματικών δικαιωμάτων μία πολιτική που παίρνει μεγάλες διαστάσεις στην σύγχρονη επιστήμη και είναι γνωστή ως Ανοικτά Δεδομένα (opendata).

Οι Καθηγητές της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, Γκίκας Μαγιορκίνης και Θάνος Δημόπουλος (Πρύτανης ΕΚΠΑ) επικαιροποιούν τις γνώσεις μας στον τομέα αυτό.

Οι τεχνολογίες αλληλούχισης επόμενης γενιάς σε συνδυασμό με την πολιτική των ανοικτών δεδομένων αποτελούν τον ακρογωνιαίο λίθο της σύγχρονης μοριακής επιτήρησης της πανδημίας από τα πρωταρχικά στάδια της.

Αν οι κινέζοι επιστήμονες δεν είχαν διαθέσει ως ανοικτά δεδομένα σε όλον τον κόσμο το γονιδίωμα του ιού άμεσα εντός του πρώτου δεκαημέρου του Ιανουαρίου του 2020 ,τότε θα ήταν αδύνατος ο έγκαιρος σχεδιασμός διαγνωστικών μεθόδων και εμβολίων.

Το δίδυμο τεχνολογιών αλληλούχισης επόμενης γενιάς-ανοικτά δεδομένα είναι ο μόνος τρόπος για να μπορούμε να παρακολουθούμε έγκαιρα την έλευση νέων μεταλλαγμένων στελεχών.

Υπό αυτό το πρίσμα δημοσιεύεται στο περιοδικό New England Journa lof Medicine ένα άρθρο προοπτικής με τον τίτλο «Ταυτοποίηση και παρακολούθηση στελεχών SARS-CoV-2, μία πρόκληση και μία ευκαιρία» που αναφέρει πώς θα πρέπει να κτισθεί ένα δίκτυο διαβάσματος και δημόσιας διάθεσης  γονιδιωμάτων του SARS-CoV-2 στις Ηνωμένες Πολιτείες.

Ο πιο ενδεδειγμένος τρόπος διάθεσης των γονιδιώματων του SARS-CoV-2 είναι μέσω της πλατφόρμας GISAID (https://www.gisaid.org).

Τόσο οι διεθνείς οργανισμοί (π.χ. ECDC) όσο και μηχανισμοί χρηματοδότησης τονίζουν ότι για να μπορεί να γίνει έγκαιρη και έγκυρη ανίχνευση των νέων μεταλλαγμένων στελεχών απαιτείται η διάθεση των γονιδιακών δεδομένων SARS-CoV-2 στη συγκεκριμένη πλατφόρμα εντός 2 εβδομάδων από την στιγμή της δειγματοληψίας.

Ο ECDC συστήνει στις χώρες να καλύπτουν το 5-10% των νέων διαγνώσεων μιας χώρας ή τουλάχιστον 500 στελέχη, αλλά οι περισσότερες Ευρωπαϊκές χώρες απέχουν αρκετά από αυτούς τους στόχους.

Επί του παρόντος έχουν διαβασθεί και διατεθεί στην GISAID πάνω από 1.9 εκατομμύρια γονιδιώματα του ιού, ενώ στις χώρες που έχουν πάρει σοβαρά την μοριακή επιτήρηση συμπεριλαμβάνονται το Ηνωμένο Βασίλειο, οι Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής, η Γερμανία, η Αυστραλία, όπως φαίνεται από τον αριθμό των γονιδιωμάτων που έχουν διαθέσει.

Υπάρχουν ωστόσο αρκετές χώρες που δεν έχουν την δυνατότητα να αναλύσουν ικανοποιητικό αριθμό γονιδιωμάτων, ενώ άλλες δεν υιοθετούν επαρκώς την πολιτική ανοικτών δεδομένων καθότι δεν κάνουν άμεσα διαθέσιμα τα γονιδιακά δεδομένα συνήθως ακολουθώντας μία παρωχημένη λογική περί πνευματικών δικαιωμάτων εξασθενώντας έτσι την δυνατότητα έγκαιρου εντοπισμού μεταλλαγμένων στελεχών.

Καθώς ο εμβολιασμός προχωράει και η επιδημία υποχωρεί είναι προφανές ότι με δεδομένη την ικανοποιητική εμβολιαστική κάλυψη, το ενδεχόμενο ενός νέου κύματος θα συμβεί λόγω έλευσης μεταλλαγμένου στελέχους που είτε θα έχει αυξημένη μεταδοτικότητα είτε θα διαφεύγει της ανοσολογικής απάντησης από το εμβόλια, είτε και τα δύο.

Ο μόνος τρόπος που έχουμε για να εντοπίσουμε έγκαιρα την έλευση αυτών των μεταλλαγμένων στελεχών είναι μέσω της διαρκούς και επαρκούς γονιδιωματικής επιτήρησης, αλλά κυρίως της πλήρους εφαρμογής της πολιτικής των ανοικτών δεδομένων ώστε όλοι οι ερευνητές στον κόσμο να μπορούν να συγκρίνουν την εξέλιξη της πανδημίας σε πραγματικό χρόνο.

Επιδημίες

07.10.2022

«Σβήνουν» τα πρόστιμα στους ανεμβολίαστους άνω των 60 ετών!

H κυβέρνηση υποχωρεί ατάκτως ενόψει εκλογών και «σβήνει» τα πρόστιμα στους ανεμβολίαστους άνω των 60 ετών ενώ ετοιμάζεται να επαναφέρει πίσω και τους ανεμβολίαστους υγειονομικούς. Σβήνονται τα πρόστιμα που είχαν επιβληθεί στους ανεμβολίαστος άνω των 60 ετών όπως ανακοίνωσε ο υπουργός Υγείας, Θάνος Πλεύρης, ο οποίος πρόσθεσε πως θα επανεξεταστεί και το θέμα των ανεμβολίαστων […]

06.10.2022

Ζ-score: Ο δείκτης που αποδεικνύει την υπερβάλλουσα θνητότητα στην Ελλάδα λόγω μαζικών εμβολιασμών & lockdowns

Tα αποτελέσματα της κακής διαχείρισης της πανδημίας

Μ.Παγώνη: «Οι ανεμβολίαστοι υγειονομικοί πρέπει να επιστρέψουν στις δουλειές τους»
05.10.2022

Μ.Παγώνη: «Οι ανεμβολίαστοι υγειονομικοί πρέπει να επιστρέψουν στις δουλειές τους»

ΕΟΔΥ: Σε αυτές τις περιοχές μπορείτε να κάνετε σήμερα δωρεάν rapid test
05.10.2022

ΕΟΔΥ: Σε αυτές τις περιοχές μπορείτε να κάνετε σήμερα δωρεάν rapid test

Άρση των μέτρων για τον κορωνοϊό στην Ιταλία: Τέλος στην υποχρεωτική χρήση μάσκας στα ΜΜΜ
30.09.2022

Άρση των μέτρων για τον κορωνοϊό στην Ιταλία: Τέλος στην υποχρεωτική χρήση μάσκας στα ΜΜΜ

Δ.Γάκης για τους θανάτους εκτός ΜΕΘ: «Ούτε σε εκτελεστικό απόσπασμα να τους έστελνε η κυβέρνηση»
30.09.2022

Δ.Γάκης για τους θανάτους εκτός ΜΕΘ: «Ούτε σε εκτελεστικό απόσπασμα να τους έστελνε η κυβέρνηση»

Νέα έρευνα συνδέει το εμβόλιο για τον Covid-19 με αλλαγές στην εμμηνόρροια των γυναικών
29.09.2022

Νέα έρευνα συνδέει το εμβόλιο για τον Covid-19 με αλλαγές στην εμμηνόρροια των γυναικών

«Καμπανάκι» Δ.Γάκη για έκθεση Λύτρα: «Αποδεικνύεται η συνυπευθυνότητα του πρωθυπουργού στους απαράδεκτους θανάτους»
29.09.2022

«Καμπανάκι» Δ.Γάκη για έκθεση Λύτρα: «Αποδεικνύεται η συνυπευθυνότητα του πρωθυπουργού στους απαράδεκτους θανάτους»

Δ.Γάκης: «Τυχαία επένδυσε ο Bill Gates 55 εκατ. δολάρια στην Biontech το 2019; – Δε γνώριζε τίποτε για την πανδημία;»
27.09.2022

Δ.Γάκης: «Τυχαία επένδυσε ο Bill Gates 55 εκατ. δολάρια στην Biontech το 2019; – Δε γνώριζε τίποτε για την πανδημία;»

Δ.Γάκης: «Ο συγκλονιστικός αριθμός θανάτων της πανδημίας αποτελεί μια βαθιά τραγωδία & μια τεράστια παγκόσμια αποτυχία»
22.09.2022

Δ.Γάκης: «Ο συγκλονιστικός αριθμός θανάτων της πανδημίας αποτελεί μια βαθιά τραγωδία & μια τεράστια παγκόσμια αποτυχία»

Δημοφιλή

Healthy pets
1

20+1 πράγματα που δεν ξέρετε για τα ζώα!

Επιδημίες
2

Η Βρετανία αίρει όλους τους περιορισμούς κατά του Covid-19

Υγεία & πολιτική
3

ΥΠΑΙΘ: Ανακοίνωσε το πρωτόκολλο για την δια ζώσης λειτουργία των πανεπιστημίων

Φυσική Κατάσταση
4

Έτσι θα υπολογίσετε πόσες θερμίδες χάνουμε όταν κοιμόμαστε…

Περισσότερα

07.10.2022

«Σβήνουν» τα πρόστιμα στους ανεμβολίαστους άνω των 60 ετών!

H κυβέρνηση υποχωρεί ατάκτως ενόψει εκλογών και «σβήνει» τα πρόστιμα στους ανεμβολίαστους άνω των 60 ετών ενώ ετοιμάζεται να επαναφέρει πίσω και τους ανεμβολίαστους υγειονομικούς. Σβήνονται τα πρόστιμα που είχαν επιβληθεί στους ανεμβολίαστος άνω των 60 ετών όπως ανακοίνωσε ο υπουργός Υγείας, Θάνος Πλεύρης, ο οποίος πρόσθεσε πως θα επανεξεταστεί και το θέμα των ανεμβολίαστων […]

06.10.2022

Έρευνα: Δείτε πως τα ωμέγα 3 λιπαρά βοηθούν το μυαλό των 50άρηδων

Σύμφωνα με μια νέα αμερικανική επιστημονική έρευνα, οι μεσήλικες άνθρωποι που τρώνε συχνά φαγητά και κυρίως ψάρια με πολλά ω3 λιπαρά οξέα, όπως σολομό, σαρδέλες, μπακαλιάρο, ρέγγα, τόνο κ.α., μπορούν να βελτιώσουν τη λειτουργία του εγκεφάλου και του νου τους. Προηγούμενες μελέτες είχαν βρει κάτι ανάλογο σε ανθρώπους μεγαλύτερης ηλικίας, αλλά η νέα έρευνα εστίασε […]

Ζ-score: Ο δείκτης που αποδεικνύει την υπερβάλλουσα θνητότητα στην Ελλάδα λόγω μαζικών εμβολιασμών & lockdowns
06.10.2022

Ζ-score: Ο δείκτης που αποδεικνύει την υπερβάλλουσα θνητότητα στην Ελλάδα λόγω μαζικών εμβολιασμών & lockdowns

Πονοκέφαλος μετά το τρέξιμο: Αυτές είναι οι πιο συνηθισμένες αιτίες
05.10.2022

Πονοκέφαλος μετά το τρέξιμο: Αυτές είναι οι πιο συνηθισμένες αιτίες

Κι όμως: Δύο λεπτά περπάτημα μπορούν να μειώσουν το σάκχαρο έως και 17%
05.10.2022

Κι όμως: Δύο λεπτά περπάτημα μπορούν να μειώσουν το σάκχαρο έως και 17%

Οδήγηση και κατάθλιψη: Πώς μπορεί να επηρεάσει την ψυχολογία μας το αυτοκίνητο;
05.10.2022

Οδήγηση και κατάθλιψη: Πώς μπορεί να επηρεάσει την ψυχολογία μας το αυτοκίνητο;

19+1 πράγματα που μπορείτε να καθαρίσετε με ένα λεμόνι… και δεν το γνωρίζατε!
05.10.2022

19+1 πράγματα που μπορείτε να καθαρίσετε με ένα λεμόνι… και δεν το γνωρίζατε!

Θ.Βασιλακόπουλος: «Βλάκες και χαζοί οι ανεμβολίαστοι υγειονομικοί – Δεν θα έχουμε υποχρεωτικότητα λόγω εκλογών»
05.10.2022

Θ.Βασιλακόπουλος: «Βλάκες και χαζοί οι ανεμβολίαστοι υγειονομικοί – Δεν θα έχουμε υποχρεωτικότητα λόγω εκλογών»

Μ.Παγώνη: «Οι ανεμβολίαστοι υγειονομικοί πρέπει να επιστρέψουν στις δουλειές τους»
05.10.2022

Μ.Παγώνη: «Οι ανεμβολίαστοι υγειονομικοί πρέπει να επιστρέψουν στις δουλειές τους»

Γιατί νυστάζουμε μετά το μεσημεριανό γεύμα; Η απάντηση είναι πιο σύνθετη απ’ ό,τι νομίζουμε
05.10.2022

Γιατί νυστάζουμε μετά το μεσημεριανό γεύμα; Η απάντηση είναι πιο σύνθετη απ’ ό,τι νομίζουμε