Επιδημίες

Πώς μπορούμε να προβλέψουμε την επόμενη μετάλλαξη

Η αλληλούχιση επόμενης γενιάς και τα ανοικτά δεδομένα είναι ο ακρογωνιαίος λίθος της μοριακή επιτήρησης της πανδημίας
Πώς μπορούμε να προβλέψουμε την επόμενη μετάλλαξη

Οι νέες τεχνολογίες διαβάσματος των γονιδιωμάτων γνωστές ως Τεχνολογίες Αλληλούχισης Επόμενης Γενιάς (Next Generation Sequencing) έχουν προκαλέσει επανάσταση σε όλους τους τομείς της Βιολογίας και της Ιατρικής.

Η συμβολή αυτών των τεχνολογιών είχε καίρια σημασία στην έγκαιρη ανακάλυψη του κορωνοϊού, στην ταχεία ανάπτυξη διαγνωστικών μεθόδων, στον γρήγορο σχεδιασμό εμβολίων και στην περιγραφή των μεταλλαγμένων στελεχών.

Συγχρόνως, έχει αναδειχθεί η σημασία να παρέχεται άμεσα πρόσβαση σε αυτά τα δεδομένα σε όλους τους ερευνητές χωρίς να υπεισέρχονται κανόνες πνευματικών δικαιωμάτων μία πολιτική που παίρνει μεγάλες διαστάσεις στην σύγχρονη επιστήμη και είναι γνωστή ως Ανοικτά Δεδομένα (opendata).

Οι Καθηγητές της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, Γκίκας Μαγιορκίνης και Θάνος Δημόπουλος (Πρύτανης ΕΚΠΑ) επικαιροποιούν τις γνώσεις μας στον τομέα αυτό.

Οι τεχνολογίες αλληλούχισης επόμενης γενιάς σε συνδυασμό με την πολιτική των ανοικτών δεδομένων αποτελούν τον ακρογωνιαίο λίθο της σύγχρονης μοριακής επιτήρησης της πανδημίας από τα πρωταρχικά στάδια της.

Αν οι κινέζοι επιστήμονες δεν είχαν διαθέσει ως ανοικτά δεδομένα σε όλον τον κόσμο το γονιδίωμα του ιού άμεσα εντός του πρώτου δεκαημέρου του Ιανουαρίου του 2020 ,τότε θα ήταν αδύνατος ο έγκαιρος σχεδιασμός διαγνωστικών μεθόδων και εμβολίων.

Το δίδυμο τεχνολογιών αλληλούχισης επόμενης γενιάς-ανοικτά δεδομένα είναι ο μόνος τρόπος για να μπορούμε να παρακολουθούμε έγκαιρα την έλευση νέων μεταλλαγμένων στελεχών.

Υπό αυτό το πρίσμα δημοσιεύεται στο περιοδικό New England Journa lof Medicine ένα άρθρο προοπτικής με τον τίτλο «Ταυτοποίηση και παρακολούθηση στελεχών SARS-CoV-2, μία πρόκληση και μία ευκαιρία» που αναφέρει πώς θα πρέπει να κτισθεί ένα δίκτυο διαβάσματος και δημόσιας διάθεσης  γονιδιωμάτων του SARS-CoV-2 στις Ηνωμένες Πολιτείες.

Ο πιο ενδεδειγμένος τρόπος διάθεσης των γονιδιώματων του SARS-CoV-2 είναι μέσω της πλατφόρμας GISAID (https://www.gisaid.org).

Τόσο οι διεθνείς οργανισμοί (π.χ. ECDC) όσο και μηχανισμοί χρηματοδότησης τονίζουν ότι για να μπορεί να γίνει έγκαιρη και έγκυρη ανίχνευση των νέων μεταλλαγμένων στελεχών απαιτείται η διάθεση των γονιδιακών δεδομένων SARS-CoV-2 στη συγκεκριμένη πλατφόρμα εντός 2 εβδομάδων από την στιγμή της δειγματοληψίας.

Ο ECDC συστήνει στις χώρες να καλύπτουν το 5-10% των νέων διαγνώσεων μιας χώρας ή τουλάχιστον 500 στελέχη, αλλά οι περισσότερες Ευρωπαϊκές χώρες απέχουν αρκετά από αυτούς τους στόχους.

Επί του παρόντος έχουν διαβασθεί και διατεθεί στην GISAID πάνω από 1.9 εκατομμύρια γονιδιώματα του ιού, ενώ στις χώρες που έχουν πάρει σοβαρά την μοριακή επιτήρηση συμπεριλαμβάνονται το Ηνωμένο Βασίλειο, οι Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής, η Γερμανία, η Αυστραλία, όπως φαίνεται από τον αριθμό των γονιδιωμάτων που έχουν διαθέσει.

Υπάρχουν ωστόσο αρκετές χώρες που δεν έχουν την δυνατότητα να αναλύσουν ικανοποιητικό αριθμό γονιδιωμάτων, ενώ άλλες δεν υιοθετούν επαρκώς την πολιτική ανοικτών δεδομένων καθότι δεν κάνουν άμεσα διαθέσιμα τα γονιδιακά δεδομένα συνήθως ακολουθώντας μία παρωχημένη λογική περί πνευματικών δικαιωμάτων εξασθενώντας έτσι την δυνατότητα έγκαιρου εντοπισμού μεταλλαγμένων στελεχών.

Καθώς ο εμβολιασμός προχωράει και η επιδημία υποχωρεί είναι προφανές ότι με δεδομένη την ικανοποιητική εμβολιαστική κάλυψη, το ενδεχόμενο ενός νέου κύματος θα συμβεί λόγω έλευσης μεταλλαγμένου στελέχους που είτε θα έχει αυξημένη μεταδοτικότητα είτε θα διαφεύγει της ανοσολογικής απάντησης από το εμβόλια, είτε και τα δύο.

Ο μόνος τρόπος που έχουμε για να εντοπίσουμε έγκαιρα την έλευση αυτών των μεταλλαγμένων στελεχών είναι μέσω της διαρκούς και επαρκούς γονιδιωματικής επιτήρησης, αλλά κυρίως της πλήρους εφαρμογής της πολιτικής των ανοικτών δεδομένων ώστε όλοι οι ερευνητές στον κόσμο να μπορούν να συγκρίνουν την εξέλιξη της πανδημίας σε πραγματικό χρόνο.

Επιδημίες

30.06.2025

Σε καθεστώς επιτήρησης 25 άτομα στη Λάρισα εξαιτίας του αιμορραγικού πυρετού

Υπενθυμίζεται ότι η 54χρονη γιατρός που κόλλησε από τον 72χρονο εκλιπόντα κτηνοτρόφο νοσηλεύεται σε κρίσιμη κατάσταση

23.06.2025

Χαλκιδική: «Σήμα κινδύνου» από τον νομό για την ευλογιά των προβάτων

Η περιοχή της Κασσάνδρας έμεινε χωρίς κτηνοτροφία

Μαγνησία: Νέα κρούσματα ευλογιάς των αιγοπροβάτων
19.06.2025

Μαγνησία: Νέα κρούσματα ευλογιάς των αιγοπροβάτων

Κορονοϊός: Αυτά είναι τα συμπτώματα της νέας μετάλλαξης NB.1.8.1
04.06.2025

Κορονοϊός: Αυτά είναι τα συμπτώματα της νέας μετάλλαξης NB.1.8.1

Σουδάν: 70 άνθρωποι έχασαν τη ζωή τους από χολέρα μέσα σε δύο ημέρες
29.05.2025

Σουδάν: 70 άνθρωποι έχασαν τη ζωή τους από χολέρα μέσα σε δύο ημέρες

Γ.Μαγιορκίνης για στρεπτόκοκκο: «Σε μικρό ποσοστό μπορεί να κάνει τη διεισδυτική λοίμωξη»
26.05.2025

Γ.Μαγιορκίνης για στρεπτόκοκκο: «Σε μικρό ποσοστό μπορεί να κάνει τη διεισδυτική λοίμωξη»

Θεσσαλονίκη: Συνολικά 15 κρούσματα στρεπτόκοκκου σε σχολεία της Ευκαρπίας
23.05.2025

Θεσσαλονίκη: Συνολικά 15 κρούσματα στρεπτόκοκκου σε σχολεία της Ευκαρπίας

Θεσσαλονίκη: «Το πρόσωπό της ήταν μελανιασμένο» λέει ο πατέρας της 5χρονης που «έφυγε» από στρεπτόκοκκο
21.05.2025

Θεσσαλονίκη: «Το πρόσωπό της ήταν μελανιασμένο» λέει ο πατέρας της 5χρονης που «έφυγε» από στρεπτόκοκκο

Δεν ήταν μηνιγγίτιδα το κρούσμα στο 6ο ΕΠΑΛ Αθήνας –Δείτε τι έδειξαν οι εξετάσεις
20.05.2025

Δεν ήταν μηνιγγίτιδα το κρούσμα στο 6ο ΕΠΑΛ Αθήνας –Δείτε τι έδειξαν οι εξετάσεις

Υπόθεση φον ντερ Λάιεν: Εμβόλια mRNA της Pfizer – Κάποιοι πλούτισαν και εκατοντάδες χιλιάδες θάφτηκαν άδοξα
14.05.2025

Υπόθεση φον ντερ Λάιεν: Εμβόλια mRNA της Pfizer – Κάποιοι πλούτισαν και εκατοντάδες χιλιάδες θάφτηκαν άδοξα

Δημοφιλή

Υγεία
1

Αυτό είναι το θαυματουργό έλαιο που προστατεύει από το Αλτχάιμερ

Kαρδιά
2

Ποιοι είναι οι φυσιολογικοί καρδιακοί παλμοί και ποια τα επικίνδυνα όρια – Πότε πρέπει να ανησυχήσετε

Φάρμακα
3

Ανατροπή δεδομένων στα εμβόλια mRNA: Οι εμβολιασμένοι πεθαίνουν πλέον στις ΗΠΑ από COVID-19

Διατροφή
4

Πετιμέζι: Το καλύτερο φυσικό φάρμακο

Περισσότερα

04.07.2025

Τέλος στην τριχόπτωση! Το Νο1 φυσικό σετ για άνδρες & γυναίκες με redensyl & βότανα – Τώρα με ΔΩΡΟ!

Αναγέννησε τα μαλλιά σου από τη ρίζα – Αποτελέσματα από τον 1ο μήνα!

04.07.2025

Αυτά είναι τα οφέλη που έχουν οι ξηροί καρποί για την καρδιαγγειακή υγεία

Τροποποιούν τον μεταβολισμό της L-τρυπτοφάνης που συμβάλλει στη σύνθεση και παραγωγή της σεροτονίνης

3+1 τροφές που θα σας βοηθήσουν να αντιμετωπίσετε την αφυδάτωση
04.07.2025

3+1 τροφές που θα σας βοηθήσουν να αντιμετωπίσετε την αφυδάτωση

Ανεύρυσμα αορτής: Πότε θα πρέπει να κάνετε τσεκάπ
04.07.2025

Ανεύρυσμα αορτής: Πότε θα πρέπει να κάνετε τσεκάπ

Μπέικον: Δείτε πόσο μπορείτε να φάτε στο πλαίσιο μιας υγιεινής διατροφής
04.07.2025

Μπέικον: Δείτε πόσο μπορείτε να φάτε στο πλαίσιο μιας υγιεινής διατροφής

VIP: To συμπλήρωμα διατροφής που εκτινάσσει την λίμπιντό σας με «μαγική» φυτική φόρμουλα
04.07.2025

VIP: To συμπλήρωμα διατροφής που εκτινάσσει την λίμπιντό σας με «μαγική» φυτική φόρμουλα

S-CURVE: Η «μαγική» κρέμα που μεταμορφώνει τους γλουτούς σας – Μεταμορφωθείτε λίγο πριν τις διακοπές σας!
04.07.2025

S-CURVE: Η «μαγική» κρέμα που μεταμορφώνει τους γλουτούς σας – Μεταμορφωθείτε λίγο πριν τις διακοπές σας!

Support Immune Protein: Η φυτική λύση για ενίσχυση του ανοσοποιητικού και τόνωση του οργανισμού & των μυών
04.07.2025

Support Immune Protein: Η φυτική λύση για ενίσχυση του ανοσοποιητικού και τόνωση του οργανισμού & των μυών

HAPI END: Φυσική αποκατάσταση της ανδρικής σεξουαλικής λειτουργίας – 24 ώρες δύναμη, ενέργεια και αυτοπεποίθηση
04.07.2025

HAPI END: Φυσική αποκατάσταση της ανδρικής σεξουαλικής λειτουργίας – 24 ώρες δύναμη, ενέργεια και αυτοπεποίθηση

Τελικά το σούσι είναι υγιεινό; – Πόσο πρέπει να καταναλώνετε
04.07.2025

Τελικά το σούσι είναι υγιεινό; – Πόσο πρέπει να καταναλώνετε